共同研究の背景・目的
ハイスループットシーケンサー (以下 HTS) は従来のシーケンス技術を発展させることで開発された最新鋭のシーケンサーであり、より多くの遺伝子配列の決定が迅速かつ低コストで行うことができます。近年では、遺伝子長を長く読み取ることができるロングリードシーケンサーも登場しており、腸内マイクロバイオーム解析技術のさらなる発展が期待されております。しかしながら、現在のところ機器や解析ツールについては最適なものが定まっておらず、ゴールドスタンダードとなる解析パイプラインが構築されていません。
当社では、Oxford Nanopore社製のロングリードHTSを用いた遺伝子解析を先んじて実施してきました。そのため、当社でゴールドスタンダードとなる解析パイプラインの構築はできないかと模索していました。
一方、理化学研究所 生命医科学研究センター (以下 IMS)の共生微生物叢研究チーム (チームリーダー: 須田 亙)でも、これまでにロングリードHTSを用いた腸内マイクロバイオーム研究を展開しており、多くの研究実績があります。
今般、当社と理化学研究所 IMS 共生微生物叢研究チームの知見と技術を組み合わせることで、ロングリードHTSを用いた腸内マイクロバイオーム解析における最適なゴールドスタンダードとなる新しい解析パイプラインの構築を目的とした、本共同研究プロジェクトを開始しました。
共同研究の内容
各社のロングリードHTSを用いた腸内マイクロバイオーム解析の比較を実施し、ゴールドスタンダードとなる新しい解析パイプラインの構築を目指します。
各社概要
【 株式会社PROUMED 】
事業内容：細菌叢検査サービス（腸内フローラ・膣内フローラ・口腔内フローラ）
血液検査サービス（生活習慣病・がんリスク）
その他遺伝子検査サービス
所在地： 東京都港区芝5-26-24 田町スクエア3F
代表者： 代表取締役 池田雅臣
設⽴⽇： 2007年7⽉30⽇
許認可等：衛生検査所登録番号 3港み生医第581号
高度医療機器等販売業許可 許可番号 品保生薬第1013号
URL： https://proumed.jp
お問い合わせ：https://proumed.jp/contact
【 国立研究開発法人 理化学研究所 】
所在地： 埼玉県和光市広沢２番１号
代表者： 理事長 五神真
設⽴⽇：1917年（大正6年）
URL： https://www.riken.jp